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研究比较了用于单五分11选5RNA测序的文库制备和测序平台

一分时时彩时间:2019-04-10 点击: 百度搜索

【导读】丹麦南部大学,惠康桑格研究所和BGI的研究人员今天在基因组生物学杂志上发表了一项研究,比较了用于单五分11选5RNA测序(scRNA-seq)的文库制备和测序平台。 单五分11选5转录组学(即scRNA-seq)是下一代测序方法,其同时测量单个五分11选5中数千个基因的信使RNA浓度(由DNA /基因组/遗传蓝图编码)。这使研究人员能够获得高分......
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丹麦南部大学,惠康桑格研究所和BGI的研究人员今天在基因组生物学杂志上发表了一项研究,比较了用于单五分11选5RNA测序(scRNA-seq)的文库制备和测序平台。

研究比较了用于单五分11选5RNA测序的文库制备和测序平台

单五分11选5转录组学(即scRNA-seq)是下一代测序方法,其同时测量单个五分11选5中数千个基因的信使RNA浓度(由DNA /基因组/遗传蓝图编码)。这使研究人员能够获得高分辨率的五分11选5视图,以解开异质五分11选5群并更好地了解体内的个体五分11选5功能。尽管存在几种单五分11选5方案,但传统上使用Illumina技术和测序平台进行测序。

作者在此进行了传统Illumina平台与单五分11选5转录组学的替代BGISEQ-500短读序列平台的首次比较。作者使用两种不同的方案(SMARTer和Smart-seq2)通过scRNA-seq分析了468个单个五分11选5,产生了1297个单五分11选5文库,用于Illumina HiSeq和BGISEQ-500平台的测序。通过使用两种不同的五分11选5类型(人类永生化白血病五分11选5'K562'和小鼠胚胎干五分11选5'mESCs')和掺入合成RNA控制序列,作者对测序平台之间的性能进行了基准测试。该研究一分时时彩,BGISEQ-500在检测RNA分子的灵敏度,准确度和重现性方面与Illumina平台具有高度可比性

虽然测序试剂和人员成本受地域限制,但BGISEQ-500通常具有更高的数据吞吐量,但成本略低。“高通量和每通道成本略有增加的结合使得BGISEQ-500成为scRNA-seq项目的一个有吸引力的替代方案,需要大量的多路复用以及每个五分11选5相当大的读取深度”,BGI的联合主要作者缪苗苗博士说。纸。

“这是第一项将Illumina HiSeq与BGISeq-500测序平台进行单五分11选5RNA测序比较的研究,为研究人员提供了另一种测序选择。我们的研究一分时时彩,平台之间的比较指标表现非常相似。适用于大规模单五分11选5测序计划,生成所有人类五分11选5类型的参考图谱,增强我们对人类健康的理解。“

(本文来源:互联网 )

(责任编辑:大林)

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